MDO(Microsoft Defender for Office 365)の安全なリンク機能について、追記です。
メッセージセンターに通知が届いている方もあると思いますが、メール以外を対象にした「Office 365 アプリで安全なリンクを使用」する設定が、「グローバル設定」からはなくなるようで、「カスタムポリシー」で設定するように書かれていました。
MC342072
(Updated) Safe Links Global Settings Migrated to Custom Policies
Customers that have "Use Safe Links in Office 365 Apps" turned on, will need to create a custom policy in order to maintain safe links protections in Office 365 Apps.
built-in security policy の設定値を docs で確認すると、EnableSafeLinksForTeams が TRUE になっていますが、それ以外の Office 365 Apps への設定は、カスタムポリシーで設定することになるのかと解釈しています。